許多遺傳因素都會(huì)導(dǎo)致癌癥，有些突變來自你的父母，有些是從其他外因或你自身 DNA 復(fù)制來的。大規(guī)?；蚪M測序已經(jīng)有能力區(qū)分體細(xì)胞突變（somatic mutations）所引起的癌癥，但是在鑒定哪些癌癥可能來自父母遺傳變異方面并沒有那么有效。目前，我們對這類癌癥相關(guān)突變的了解仍基于幾個(gè)關(guān)鍵的家族研究。

現(xiàn)在，巴塞羅那基因組調(diào)控中心（CRG）的一組研究人員在 Ben Lehner 教授的領(lǐng)導(dǎo)下開發(fā)了一種新統(tǒng)計(jì)方法——從腫瘤基因組測序大數(shù)據(jù)中，提取癌癥易感性基因。相關(guān)研究論文?刊登?在了《Nature Communications》雜志上。

論文第一作者、CRG 博后研究員 Solip Park 解釋道：“我們的計(jì)算方法源于一個(gè)古老的想法，即癌癥基因在導(dǎo)致癌癥之前需要‘出擊 2 次’。”

該方法允許研究人員在缺乏控制樣本的情況下找到風(fēng)險(xiǎn)變量，也就是說，他們不需要將癌癥患者與健康人群進(jìn)行比較?！斑@是一個(gè)檢測新癌癥易感性基因的有力工具，”Park 說。

該方法被命名為 ALFRED，研究人員利用它鑒定出了 13 個(gè)癌癥易感性候選基因，其中 10 個(gè)是全新的。我們將 ALFRED 套用于來自 30 種不同腫瘤類型的 10000 多個(gè)癌癥患者的基因組，成功找到了已知的和未知的導(dǎo)致癌癥風(fēng)險(xiǎn)的潛在癌癥易感性基因，Ben Lehner 說。

“新發(fā)現(xiàn)的癌癥易感性基因?qū)υS多類型癌癥可能都具有重要作用，例如它們與 14% 的卵巢腫瘤、7% 的乳腺癌腫瘤和 2% 的所有癌癥都有關(guān)聯(lián)。其中，一個(gè)新發(fā)現(xiàn)的繼承變異風(fēng)險(xiǎn)基因‘NSD1’可能影響著 3‰的癌癥患者，”基因組數(shù)據(jù)科學(xué)實(shí)驗(yàn)室組長 Fran Supek 解釋。

研究人員采用的是來自世界各地的癌癥研究基因組數(shù)據(jù)，包括 TCGA（癌癥基因組地圖）項(xiàng)目，以及其他與癌癥無關(guān)的幾個(gè)項(xiàng)目。經(jīng)過測試，這種新方法可以提高我們對癌癥基因組學(xué)的理解，并利用公共數(shù)據(jù)進(jìn)一步促進(jìn)癌癥研究、診斷和治療。

“這項(xiàng)工作強(qiáng)調(diào)了共享基因組數(shù)據(jù)的重要性。應(yīng)用新計(jì)算方法就能識(shí)別先前從未發(fā)現(xiàn)的重要癌癥基因。只有比較跨醫(yī)院、國家和疾病的數(shù)據(jù)資源，我們才能深入了解常見和罕見疾病。遺憾的是，許多研究者仍不愿意分享他們的數(shù)據(jù)，這是需要積極改變的社會(huì)現(xiàn)狀?！?/span>

原文檢索：

Systematic discovery of germline cancer predisposition genes through the identification of somatic second hits

來源：生物360