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影響癌癥研究的本質(zhì)

發(fā)布時間: 2019-01-09

影響癌癥研究的本質(zhì)


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從機器學習預測到個性化細胞療法-技術推動癌癥研究


影響癌癥研究的本質(zhì)

Dipanjan Chowdhury 博士

哈佛醫(yī)學院放射腫瘤學副教授

chowdhurylab.danafarber. org

在實驗執(zhí)行和數(shù)據(jù)分析方面,癌癥研究正在從根本上發(fā)生改變。

低成本、高通量DNA測序的推出加速了數(shù)據(jù)生成過程。在一天之內(nèi),精細的儀器可運行涵蓋數(shù)千個核酸的實驗。由于生成數(shù)據(jù)不再是一個艱難的過程,因此,當前的挑戰(zhàn)轉(zhuǎn)變?yōu)槿娼庾x數(shù)據(jù)集代表的含義。

Chowdhury博士正在創(chuàng)建一種新型血液測試方法,以快速檢測早期卵巢癌。該測試可檢測血液樣本中被稱為microRNA的非編碼小RNA。盡管microRNA (22個堿基對)比基因更小,但人類細胞中仍含有一千多個這類序列。研究microRNA并不比研究基因組文庫復雜,并且可以使用與基因組文庫相同的測序技術快速生成數(shù)據(jù)。

Chowdhury說,“機器學習教會計算機識別模式。我們正在尋找microRNA的特征組合,而不是探究哪個基因會導致卵巢癌”

Chowdhury通過機器學習,充分利用卵巢癌患者血液樣本測序所產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)?!拔覀兛梢詾橛嬎銠C提供來自數(shù)千種microRNA分子的信息。我們利用統(tǒng)計數(shù)據(jù)來了解卵巢癌患者與無癌細胞或良性腫瘤患者的microRNA水平分布概率。我們不知道有多少microRNA組合可以促進癌癥發(fā)生。該算法給出了患卵巢癌的風險概率評分?!?/p>

據(jù)Chowdhury所述,機器學習將有可能解決癌癥研究中的數(shù)據(jù)分析瓶頸。他說,“我相信這項技術也可以用于其他癌癥,并取得類似的成功。”

除機器學習外,生命科學研究人員正在試驗宏大的治療計劃,特別是在開發(fā)個性化醫(yī)療方面。嵌合抗原受體(CAR) T細胞等免疫療法通過對患者自身細胞進行基因修飾,從而靶向并破壞白血病中的癌細胞?;蚓庉嬍钱a(chǎn)生用于免疫治療的CAR T細胞的關鍵技術。

CAR T細胞療法已被證明有望治療白血病,但仍然有許多因素阻礙了它在其他癌癥類型中的應用。這些挑戰(zhàn)包括實體瘤細胞缺乏獨特抗原以及T細胞自身在浸潤實體瘤方面的困難。

然而,這些問題可以通過改進抗原檢測、改變基因編輯策略以及使用更精細的技術來解決。目前,有多個學術和制藥實驗室正在努力改進支撐CAR T細胞療法的技術。

這些技術和療法還處于初級階段,但將機器學習和個性化醫(yī)療應用于癌癥治療的希望很大。


02
擴展現(xiàn)實將改變?未來的癌癥研究


想象一下遠離科技的生活…恐怕沒有電話的日子都令人感到恐懼。盡管像《黑鏡》這樣的未來主義電視劇可能警示我們技術會攻擊

人類,但也揭示了技術的強大力量—整合并改善我們的日常生活。

擴展現(xiàn)實(XR)是將有形的真實世界與全新的虛擬增強相結合的技術,包含增強現(xiàn)實(AR)、虛擬現(xiàn)實(VR)和混合現(xiàn)實(MR)-這就是我們所處的時代。從在街上追逐Squirtle到?jīng)Q定將IKEA? LACK咖啡桌放在哪里,AR已經(jīng)不僅是一種娛樂方式,而是一種新時代的便利工具。令人驚奇的是,通用航空公司目前正在使用VR來制造噴氣發(fā)動機,醫(yī)學生能夠通過VR培訓很快學會挽救生命的操作。一種用于捕捉精靈球的技術可以幫助解決世界上的一些重大問題,這看似很神奇,但它確實成為了現(xiàn)實世界中用于研究、治療和監(jiān)測癌癥進展的新興工具。XR與癌癥研究有很多交集。在最近的消費電子展(CES)上,My Special?Aflac Duck?機器人榮獲CES 2018年度最佳獎項。這款互動玩具利用其混合現(xiàn)實功能,在兒童癌癥治療過程中為他們帶來迫切需求的舒適性,從而為兒童患者提供幫助。在威爾康奈爾醫(yī)學院,研究人員正在利用VR和MR研究致癌基因突變,希望能夠幫助醫(yī)生選擇效果更好、起效更快的藥物治療。伍斯特理工學院的科學家正在利用HoloLens?應用等混合現(xiàn)實技術來

了解癌癥的增殖和進展,通過對復雜的生物網(wǎng)絡進行3D分析以研究蛋白質(zhì)-基因相互作用。英國癌癥研究中心目前正在使用VR技術開展腫瘤三維建模項目,以進一步了解癌細胞在腫瘤微環(huán)境中如何發(fā)生相互作用。

這些僅僅是XR在對抗癌癥和改善癌癥研究中的一小部分應用。無論您是不是Charlie Brooker的粉絲,這些擬真體驗技術在未來十年的發(fā)展速度及其對癌癥研究的影響,都絕對會吸引你的眼球-或眼鏡


癌細胞的轉(zhuǎn)染技巧

可以幫助改善癌細胞的轉(zhuǎn)染



STEP1

在轉(zhuǎn)染時降低培養(yǎng)基的血清含量 ( 降低至<10%)是可以接受的,但是需要在轉(zhuǎn)染后4-24小時內(nèi)更換完全生長培養(yǎng)基。

STEP2

轉(zhuǎn)染過程中可以使用抗生素。

STEP3

在流式細胞術之前,在明場顯微鏡下觀察細胞,確認細胞在使用Gibco?TrypLE?試劑孵育后的解離情況。







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